SIBO

L’article du Groupe Français de Neuro-Gastroentérologie (GFNG), publié dans la revue Hépato-Gastro & Oncologie Digestive en 2025, propose un cadre de référence pour le diagnostic et la prise en charge de deux entités encore sujettes à débat : le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) et l’IMO (Intestinal Methanogen Overgrowth).

Je vous en propose une synthèse, qui parlera des rares données établies, des recommandations pratiques en 2026 et des encore nombreuses  incertitudes scientifiques.

1. D’où vient cet intérêt croissant pour le SIBO

Les troubles fonctionnels intestinaux concernent environ 1 personne sur 10 chaque jour, et à tous ces gens qui souffrent on dit: c’est fonctionnel, donc «sans cause médicale trouvée», autrement dit, rien de grave, pas de maladie organique

On aimerait bien trouver quelques étiologies curables à ces symptômes invalidants. Il est hautement probable qu’un jour on trouvera ! En 2026, on balbutie, mais comme on sait maintenant que le tube digestif contient d’innombrables bactéries, virus, et champignons, une hypothèse tentante est celle du déséquilibre du microbiote intestinal

Mais quel déséquilibre ? trop de certaines bactéries ? mauvaise répartition des différents microbes intestinaux ? Pas facile à dire, alors même que l’on ne sait pas encore ce qu’est un microbiote « normal »

La première piste, celle du SIBO serait une multiplication anormale du nombre de bactéries dans le microbiote.

2. Quand et chez qui évoquer un  SIBO  = Small Intestinal Bacterial Overgrowth / pullulation bactérienne de l’intestin grêle : Le diagnostic de SIBO doit être clinique et raisonné, et non fondé sur les seuls ballonnements.

Il faut 2 choses pour évoquer un SIBO

1. avoir des symptômes digestifs étiquetés comme fonctionnels (Ballonnements, douleurs, diarrhée, distension ou troubles du transit)
2. mais pas que …. Ce n’est pas parce qu’on a des troubles étiquetés comme fonctionnels que l’on a un SIBO Il faut en plus qu’il y ait une raison d’avoir une pullulation bactérienne, car les bactéries intestinales ne pullulent pas sans raison.

Les conditions prédisposantes à la pullulation bactérienne c’est tout ce qui limite les contractions de l’intestin grêle, et induit une stagnation du contenu est favorisant

• Chirurgie digestive   avec résection d’intestin grêle, montage d’anses borgnes
• Maladies de la motricité digestive : Sclérodermie systémique, pseudo-obstruction intestinale chronique, neuropathie diabétique
• Anomalies anatomiques : diverticules du grêle, sténose (rétrécissement) intestinale
• Médicaments : Utilisation chronique d’opioïdes ou d’autres traitements ralentissant le transit
• Déficit en acide chlorhydrique gastrique notamment par la prise d’antisecrétoires au long cours

N’oubliez pas les symptômes d’alarme, même chez les patients qui ont des douleurs chroniques  :  sang, douleurs inhabituelles, changement de transit inhabituel, amaigrissement=> ce n’est pas un SIBO

3. Le test respiratoire pour aider au  diagnostique de SIBO

Pas facile de faire un diagnostic de pullulation de microbes intestinaux, car il y en a des milliards dans chaque cm3 d’intestin

Meilleure option mais compliqué : mesurer directement le nombre de microbes : cela nécessite de descendre un tube dans l’intestin grêle pour prélever directement le liquide puis le mettre en culture.

En pratique : mesure indirecte par tests respiratoires

Le principe du test respiratoire

• On fait absorber au patient un sucre (glucose ou lactulose) que les bactéries intestinales vont digérer
• En le digérant, elles produisent des gaz, notamment de l’hydrogène ou du méthane.
• Les gaz passent dans la circulation sanguine, puis sont éliminés par les poumons.
• on mesure la quantité de gaz dans l’air expiré par le patient
• cela fournit un indice indirect de l’activité microbienne digestive.
• Le test est positif si le taux d’hydrogène dans l’air expiré augmente d’au moins 20 ppm  dans les 90 minutes

Limites du test respiratoire

• Il ne mesure pas la quantité de bactérie, seulement le métabolisme des bactéries existantes
• Beaucoup de paramètres influencent les résultats
  • Le sucre utilisé (il faut utiliser seulement le glucose), l’influence du transit intestinal, de la préparation du patient (antibiotiques dans le dernier mois, prise de probiotiques ou laxatifs), les conditions de réalisation (être bien à jeun 8h avant, etc)
• Il y a des faux positifs (des tests + alors que le nombre de bactéries n’est pas augmenté)

En pratique : La sélection des patients et la qualité du protocole sont aussi importantes que le seuil de positivité.

Un test respiratoire positif ne prouve pas automatiquement que le SIBO est responsable des symptômes du patient, mais rend cela plus probable si le tableau clinique est compatible.

4. Traitement du SIBO

Point faible actuel : Il n’y a pas de recommandation thérapeutique

La presse, l’industrie pharmaceutique et les réseaux sociaux  n’aident pas les patients. Ils les abreuvent de discours sur le microbiote intestinal déréglé, qui pullulerait, et de publicités aux hautes promesses thérapeutiques, probiotiques, régimes, compléments alimentaires, et antibiotiques spéciaux.  Sauf que rien de tout cela n’a montré d’efficacité reconnue.

En priorité : traiter les facteurs favorisants

Cités plus haut, et pouvant faire l’objet de traitements spécifiques.

Ce qu’on a proposé sans succès

• Un régime pauvre en FODMAP ?
  • Les FODMAP sont des glucides qui fermentent et se trouvent dans beaucoup d’aliments.
  • Il n’est pas confirmé que leur réduction ou leur suppression améliore les symptômes du SIBO ou des troubles fonctionnels. Ce régime n’est pas validé, mais peut néanmoins être tenté sur une durée courte, car il est très restrictif.

• Des probiotiques ?
  • les données sont contrastées. Une méta-analyse a examiné les essais existants sur les probiotiques dans le SIBO et a constaté que les probiotiques réduisaient la production d’hydrogène mais les études étaient pour la plupart de petite taille et de qualité discutable D’autre part, une autre étude contrôlée a montré que les probiotiques pourraient à l’inverse provoquer un SIBO et une acidose lactique entraînant flatulence, ballonnements et brouillard cognitif, et que l’arrêt des probiotiques combiné à une cure d’antibiotiques conduisait à la résolution des symptômes.
  • => L’usage de probiotiques dans le SIBO ne peut donc être à ce jour recommandé.

Le traitement antibiotique : réclamé par les patients, mais quelle utilité ?

• Oui, si le diagnostic de SIBO est établi, un traitement antibiotique peut être proposé, en l’absence de contre-indication.
  • Quel antibiotique ? Plusieurs antibiotiques ont été testés, aucun n’a montré de meilleur effet que les autres, il n’est pas possible à ce jour de recommander un protocole d’antibiothérapie spécifique pour la prise en charge du SIBO.
    • Notamment la rifaximine dont beaucoup de patients entendent parler doit seulement être prescrite dans le cas d’un essai clinique, dans un centre spécialisé et dans les cas cliniques sévères
  • Si on donne un antibiotique, il est recommandé d’évaluer
    • Si les symptômes sont améliorés
    • Si le test respiratoire réalisé au plus tôt 4 semaines après la fin du traitement est normalisé

Message : la prise en charge du SIBO ne se résume pas à prescrire un antibiotique. Elle associe traitement du terrain, sélection raisonnée des patients, évaluation clinique et réévaluation diagnostique.

Référence bibliographique

Recommandations du Groupe Français de Neuro-Gastroentérologie pour le diagnostic et la prise en charge de la pullulation bactérienne de l’intestin grêle (SIBO) et de la pullulation intestinale d’agents méthanogènes (IMO)Benzi A. et al. — Recommandations du Groupe Français de Neuro-Gastroentérologie pour le diagnostic et la prise en charge de la pullulation bactérienne de l’intestin grêle (SIBO) et de la pullulation intestinale d’agents méthanogènes (IMO).Hépato-Gastro & Oncologie Digestive, 2025.

DOI : 10.1684/hpg.2025.2973

Sources consultées : texte intégral accessible sur Cairn.info et résumé des recommandations.